2000年12月30日，新疆工学院与新疆大学合并成立新的新疆大学。组建之初，如何定位发展方向，实现学校以文理为主向以理工为主格局转变，成为一校之长的安尼瓦尔·阿木提首先要面对的重大办学问题。经过校长办公会多次研究讨论，大家进一步明确了学科交叉渗透的思想。为了论证，安尼瓦尔·阿木提又带领学校一班人马到北京高校咨询专家，邀请专家到学校亲临指导，最终让这一思想得以贯彻延伸。

“当时内地的气温最高达35摄氏度左右，他带了十几位新疆大学学科带头人到内地去介绍情况，15天跑了10多个城市，基本上每一天半跑一个城市。别人都可以休息一下，但作为校长，每个城市他都要亲自去。”新疆大学研究生院常务副院长贾殿赠教授介绍说。
　　随后的几年里，安尼瓦尔·阿木提组织新疆大学狠抓学科专业调整工作，大力强化了理工科特别是工科建设，逐步形成特色鲜明、结构合理、布局优化的学科体系。现有学科涉及文、理、工、经、管、法、史、哲等8大学科门类，涵盖了高级专门人才培养和科学研究的主要领域。
　　根据自治区新型工业化建设的需要，新疆大学采取措施，近些年不断加大工科建设力度。原工学院实验设备总值不到1000万元，而近3年来，学校对工科投入7000余万元，使工科在学科建设、队伍建设、人才培养、实验室建设等方面大为改观。学校工程硕士专业学位点取得机械工程、电气工程等7个授权领域。2005年，学校新增7个博士点，其中应用化学、电力系统及其自动化、机械制造及其自动化、计算机应用技术等4个博士点均为工科类，结束了新疆无工科博士点的历史。
　　以教育家的胸襟谋人才“山不在高，有仙则名；水不在深，有龙则灵。建设一流大学，必须有一流的学科；建设一流学科，必须有一流队伍。加强师资队伍建设，始终是学科建设工作的核心。”这是安尼瓦尔·阿木提时常挂在嘴边的一句话。
　　为改变一流的学术带头人和拔尖人才、尤其是大师级学术带头人数量不足的现状，在安尼瓦尔·阿木提的带领下，学校在师资队伍建设方面及时更新观念，打破人才的单位所有制，实行固定编制和临时编制相结合、长期服务与短期服务相结合的办法，对高层次人才实行资源共享，不求所有，但求所用。
　　学校每年投入400万元作为“人才引进启动基金”，对特殊人才、紧缺人才采取特殊政策；每年投入150万元大力培养中青年教师。学校还以参与教育部“长江学者奖励计划”为契机，重点支持20名优秀的中青年学术带头人，设立“青年教师科研启动基金”，增加青年教师出国进修和培训的机会，为青年教师提供充分的发展空间。
　　“安尼瓦尔校长在教学和科研工作方面都给了我很大支持。我一来学校就给了几万块钱作为科研启动经费，研究项目里所用的一些大型仪器设备，学校都可以从相关经费来配套，不需要科研组自己买。”新疆大学信息科学与工程学院副教授、博士葛文萍说，“有时找校长解决问题的老师在校长办公室门口都排起了长队，不管多晚，安尼瓦尔校长总要把问题听完。”
　　目前，学校共有教师1636人，其中具有硕士以上学位的教师占教师总数的49．1％。通过实施教学、科研骨干激励机制，促进人才队伍建设，形成了一批具有一定水平和造诣的学科带头人和中青年学术骨干，并获得了国家“长江学者”特聘教授岗位。
　　以学问家的眼光修自身7月17日，记者走进安尼瓦尔·阿木提校长的办公室，办公桌对面墙上悬挂的一块写满英文单词的小白板引起了记者的注意。“安尼瓦尔校长一有时间就背背单词，他的包里永远都装着专业书籍。上下班路上和午休时，他耳朵里还老戴着耳机，那也是在学英语呢１新疆大学宣传部长周耀治告诉记者。
　　“应知学问难，在乎点滴勤。作为校长，我自身具有的学术实力对带动全校师生投身学术研究具有十分重要的影响，要想真正做好各项管理和服务工作，必须不断地提高、不断地进步，才能胜任校长一职，不辜负党和师生的期望。”所以，即便工作再紧张，安尼瓦尔·阿木提也从未放弃学习，提高自身的学术水平和科研实力，为自己在学术研究方面奠定了更为扎实的基矗
　　安尼瓦尔·阿木提曾主持了20世纪80年代新疆地震预报科学研究项目，1986年成功预报了乌恰县6．8级地震，1987年成功预报了乌什县6．4级余震，预报项目分别获得国家地震局科技进步二等奖、三等奖。他还著有《石油与国家安全》《新疆的经济与能源发展战略研究》等，其中《石油与国家安全》2006年获自治区第七届哲学社会科学优秀成果二等奖；并在各类核心刊物发表了《石油影响国家经济安全的途径》《石油与政治》《领导科学简论》《以优势技术开发为主的域创新体系论》等32篇学术论文和3部著作。
　　现在安尼瓦尔·阿木提还带着西安交通大学管理科学与工程、新疆大学区域经济学和自然地理学三个专业领域的8名博士研究生，在他们眼里，这位维吾尔族导师“不但在自己的研究领域里颇有建树，对中国古文化，尤其是儒家思想也很有研究”。2006年，安尼瓦尔·阿木提成为全疆唯一一位教育部哲学社会科学重点研究项目———《中国的中亚战略与对策研究》的首席专家，目前该项目研究正在顺利进行中。
　　现在，新疆大学已驶入了发展的快车道，办学规模不断扩大，办学层次不断提高，办学实力不断增强，国内外合作交流日益频繁，校风、教风、学风焕然一新。学校面貌发生了翻天覆地的变化，学校向社会输送了10万余名专业技术人才，毕业生遍布天山南北、长城内外。
　　“良马不念秣，壮士不苟营”。安尼瓦尔·阿木提就像一个不知疲倦的“拓荒者”，在他的眼前有一片又一片绿洲在延伸。当新疆大学——这所天山脚下的学府再创辉煌时，他的笑容才会更加灿烂……